Element AVITI? 系統
概述
Element AVITI? 系統徹底改造了表面化學物質、堿基檢測和數據分析，為各種新一代測序應用提供靈活且經濟高效的平臺。將無與倫比的數據質量與運行效率，整合于臺式儀器的平臺內。AVITI系統兼容多種常用中低讀長測序模式，可支持2 x 150 bp、2 x 100 bp、2 x 75 bp、2 x 50 bp、2 x 25 bp 多種測序讀長。設備具有雙流動槽支持同時、獨立運行不同讀長檢測，賦予AVITI足夠的靈活性。
系統
1. Element專有的Avidity短讀長測序試劑能夠帶來其他臺式系統無法比擬的數據質量和成本效益。
2. AVITI系統可獨立運行兩個流動槽，每個可產出300Gb數據，為用戶帶來極大的靈活性。
3. AVITI操作軟件也具有可調節讀取通量的功能，在運行時間方面帶來了更多的靈活性。
4. 簡單的NGS文庫制備兼容性，無PCR工作流程允許用戶立即開始文庫制備
5. 開放生信分析，FASTQ文件輸出，沒有分析的專有要求
參數
流程
創新性的測序化學
與邊合成邊測序（SBS）不同，親和力測序的關鍵創新在于，它將檢測摻入的核苷酸與延伸DNA模板分離開來。分離步驟可使每個過程獨立優化，使得AVITI成為成本和精度更高 的DNA測序系統。
親和力測序利用avidites（親和子）的獨特特性來進行高效的測序反應，從而產生高度準確的數據。這種精度的主要驅動因素之一是強信噪比，即使在高密度polony的情況下也能持續存在。在運行開始時，文庫與覆蓋流動槽表面的引物雜交。然后，擴增聚合酶與文庫和引物的雙鏈體結合，催化滾環擴增（RCA）并產生包括原始文庫拷貝的長DNA鏈。每一條鏈都形成了一個polony，其 中包含數百份原始文庫的副本。Polonies與讀取特異性測序引物雜交。
每個循環開始于測序聚合酶將親和子與polony和引物雙鏈體的結合，將堿基特異性親和子結合到polony上進行成像，并形成一個極其緊密的復合物，與邊合成邊測序技術（SBS）相比，試劑濃度可降低100倍，從而節省了每個樣品的成本。成像后，親和子被移除，然后未標記熒光的核苷酸結合到測序引物之后，以進行一個堿基的引物延伸。其后開始另一個循環。
5. 開放生信分析，FASTQ文件輸出，沒有分析的專有要求
擴增方式的優勢
RCA僅使用初始鏈作為模版進行擴增，可避免擴增錯誤的放大。這種擴增方式同樣限制了標簽跳躍（index hopping）和optical duplicates的影響。
標簽跳躍會將reads指派到錯誤的樣本上，它通常在不使用RCA擴增的高通量系統上比較顯著。RCA避免了游離標簽引物與polonies的結合，從而最小化了流動槽上的標簽跳躍。Optical duplicates在當軟件將一個大的polony當作兩個小的polony并分開計算讀取時發生。在AVITI系統上optical duplicates的比率低至<1%，這樣可獲得更多有效reads。
完整的NGS流程
AVITI系統具有整合了文庫準備、測序和分析在內完整的端對端的NGS流程。Element Biosciences與各個文庫制備和分析公司合作驗證了Element的解決方案，并且使得平臺轉化工作十分便捷。AVITI系統終身保證試劑成本，可為未來的運行成本提供保障，無須湊樣即可迅速得到結果。
應用
單細胞/RNA測序
與10x Genomics. BD Rhapsody和Parse Biosciences相兼容的，經驗證的單細胞方案
Low-pass測序
結合AVT1測序和 Gencove分析，根據不同的定制方案，可提供高性價比的解決方案
外顯子和靶向測序
可實現每張流動槽8-24個外顯子或每次運行16-48個外顯子的實驗室內tumor-normal研究
全基因組測序
行業領先的精度助力變異發現，同時兼容FFPE樣本
